2027年の医療費控除申告、マイナポータルに載らない支出と領収書はどう扱う？

2026年中に病院や薬局で支払った医療費を2027年に確定申告するとき、マイナンバーカードがあれば領収書の整理は不要になるのでしょうか。国税庁は、医療費通知情報をマイナポータル経由で取得し、確定申告書等作成コーナーへ自動入力できると説明しています。しかしマイナポータル連携だけで全ての支払額・補てん額が自動的に完成するわけではありません。領収書や保険金の情報を別途確認することが重要です。

2027年に申告するのは2026年中に支払った医療費

国税庁の医療費控除は、その年の1月1日から12月31日までに支払った自己または生計を一にする親族の医療費が対象です。したがって2027年に2026年分を申告する場合は、2026年中に実際に支払った額を整理します。診療を受けた年と支払いが異なる場合、未払いの医療費は実際に支払った年の控除に含めると案内されています。

2027年分の申告書作成コーナーの提供日や、2026年分のマイナポータル医療費通知データが全期間取得できる具体的な開始日は、実際の国税庁・マイナポータルの最新案内で確認してください。前年の公開日をそのまま2027年の確定日とみなさないことが大切です。

マイナポータル連携で済むものと自分で補うもの

2027年の申告準備を『マイナポータルで取得できる医療費通知』『自分で追記する支出』『保険金補てん』『5年保存する領収書』に分け、18万円支出・3万円補てんの計算例を示した確認表しておけば、データ連携後に控除の計算を確認できます。

情報の種類	マイナポータル連携の利用	申告前の確認
医療費通知情報に含まれる支出	対象のデータを取り込み可能	診療年月・医療機関・負担額
通知に含まれない対象医療費	自動反映されないことがある	領収書から自分で入力
保険金・高額療養費など	別途補てん額の確認が必要	対象医療費から差し引く
申告書と通知の原本の扱い	電子の医療費通知情報を添付可能	PDF・画面印刷だけでは扱いが違う
自分で入力した医療費の領収書	通常の明細書の根拠となる	原則5年間保存

医療費控除の金額は「払った額」そのものではない

国税庁の基本式は「その年の対象医療費－保険金などの補てん額－10万円」で、控除の上限は200万円です。ただしその年の総所得金額等が200万円未満である場合、差し引く基準額は10万円ではなく総所得金額等の5％です。

例えば対象となる医療費の支払総額が18万円、入院給付金などその医療費を補てんする額が3万円、基準額が10万円の人なら、18万円－3万円－10万円＝5万円が所得控除額になる計算です。この「5万円」は所得税から5万円がそのまま返金されるという意味ではありません。実際の税額への影響は個人の所得や税率などによります。

補てん金額は、その給付の目的となった医療費を限度に控除します。例えば一つの入院費を超える保険金が出た場合でも、その余りを別の通院医療費から差し引くとは限らないことが国税庁に明記されています。

電子データと領収書の5年保存はどう変わる？

国税庁によれば、医療費通知情報をe-Taxに適切なXMLデータとして添付送信した場合、その通知に含まれる医療費の領収書を別途5年間保存する必要はありません。一方で、マイナポータルの画面やPDFを単に印刷・ダウンロードしたものは正式な電子通知情報の原本とは異なり、その場合は対象医療費の領収書を原則5年間保存する必要があります。

通知に含まれない医療費を自分で明細書へ入力した場合も、必要な領収書を保存しておきましょう。税務署から後日に提示を求められる場合があります。「連携したから全て捨ててよい」とは考えないことが重要です。